شاید سیمای رازی در حوزه طب و کیمیا خیلی روشن‌تر باشد تا اینکه بخواهیم درباره آرای وی در حوزه دین و فلسفه سخن بگوییم. قرون سوم و چهارم هجری دوران طلایی تحولات فرهنگی محسوب می‌شود که در آن، فیلسوفی چون رازی بر عقاید پیشین می‌تازد. رازی برخلاف کندی و فارابی که سعی در ایجاد نوعی ارتباط و التفات میان دین و فلسفه داشتند و بر مسند حل تعارضات میان آن دو می‌کوشیدند، نگاه انتقادی و سردی نسبت به اجماع این دو مقوله دارد.

تشتت آرا درباره رازی خیلی زیاد و پراکنده است چرا که دیدگاه او در دوران خود مغایر با عقیده عمومی بوده است. لعن و فحاشی‌هایی که روزگار پس از او برایش رقم زد و کتاب‌هایی که به جهت تکفیرش پس از مرگش به آتش کشیده شد گواهی بر این است که باید قدری محتاطانه درباره این اندیشمند سخن راند. عقاید تامل‌برانگیز رازی درباره نبوت، معاد دینی، تناسخ‌‌باوری، نگرش وی درباره آفرینش و هستی و دیدگاهش درباره فلسفه سبب شده است که در قرون آتی وی را دیوانه و ملحد بخوانند. در آثار وی که درباره آنها نیز چندان اتفاق نظر دقیقی وجود ندارد و برخی آن را منسوب به وی خوانده‌اند، اثری از انکار خدا وجود ندارد. از این رو می‌توان گفت سیمای فکری وی بیشتر صورتی انتقادی به عقاید موجود دارد و نگره‌یی اصلاحاتی به حساب می‌آید و البته معاندت وی با برخی عقاید بنیادی دین همچون باور به تناسخ از وی چهره‌یی دوگانه می‌سازد.

دیدگاه رازی درباره فلسفه و فیلسوف نیز برخلاف رویه‌یی است که در میان فلاسفه اسلامی وجود داشته است. واژه «فیلسوف» در معنای تمکین در برابر اندیشمندان یونانی یعنی افلاطون و ارسطو تعریف می‌شده است به طوری که شهرستانی در «ملل و نحل» صراحتا می‌گوید: «فلاسفه اسلام (جملگی) ارسطاطالیسی [ارسطویی] باشند.» رازی را باید نخستین کسی دانست که در میان فلاسفه دوره اسلامی بر ارسطو می‌تازد و با او مخالفت می‌کند. از این رو جامعه فلسفی ما که همه نگره‌یی ارسطویی داشتند، او را فیلسوف نمی‌خواندند و افرادی چون ابن‌سینا که دارای زمینه مشایی هستند، به‌شدت با او سر ستیز داشتند. البته لازم به ذکر است که ابن‌سینا را نمی‌توان به طور مطلق مشایی یا اشراقی خواند بلکه باید مکتبی سینایی برای او در نظر گرفت. در کنار رازی می‌توان از شخصیت دیگری که هم‌مسلک وی است، نام برد؛ بیرونی نیز به مانند رازی عقایدی مغایر با ارسطو داشت ولیکن این دو را می‌توان سردمداران فلسفه این خطئه مستقل به شمار آورد.

مفاد اندیشه رازی که همان عقل‌گرایی است، در بخش نخست کتاب «طب روحانی» بیان داشته شده است. رازی وجه تمایز انسان و چارپایان را عقل و چیرگی بر نفس می‌شمارد، چنان که در «طب روحانی» می‌گوید: «خرد چیزی است که اگر نبود، وضع ما همچون حال چارپایان و کودکان و دیوانگان می‌مانست.» و انسان‌‌های خردمند را کسانی می‌داند که «فلسفه» آموخته‌اند و جهان پیرامون خویش را شناخته‌اند. عقل در نظر رازی معادل واژه اوستایی «خرد» [xratu] است که بنا به تعریف «برهان قاطع» به معنی «قوه مدرکه انسانی» است. عقل گوهر خدایی است که با فلسفه شناخته می‌شود و همراه عقل در انسان «هوی» وجود دارد: «باید که بر هوی سخت ‌گیریم، او را خوار و رام سازیم، وادارش کنیم و مجبور تا از امر و نهی خرد فرمان برد.» و تنها با هدایت عقل است که می‌توان از هوی به دور بود و راه نیکبختی را پی گرفت. کرامت انسان و آزادگی‌اش بنا بر نظر رازی صرفا در «عقل» و حکمت و معرفت اوست. عقل در نظر رازی همان «خرد جاودان» است که مینوی آن در ادب عرفانی فارسی «پیر خردمند» نامیده می‌شود. رازی منتقد قائل شدن مراتب عقول ارسطویی است و عقل را یگانه و بسیط می‌داند و پیروان مکتب ارسطو را که بر مراتب عقول چندگانه باور دارند، در بند موهوم‌پرستی و گرفتار تخیل التقاطی فلسفی می‌خواند. طبق عقلانیتی که رازی از آن سخن می‌گوید، تنها ملاک حصول علم برای ما عقل استدلالی است و در این راه به هیچ نیروی غیرعقلانی نیازی نیست و باوری به آن وجود ندارد. رازی تقدم خرد بر اعمال را چنین بیان می‌کند: «ما اعمال عقلی خود را پیش از ظهور حسی آنها به تصور می‌آوریم، پس آنها را چنان درمی‌یابیم که گویی احساس‌شان کرده‌ایم. آنگاه صورت‌های آنها را با افعال حسی خود می‌نمایانیم تا مطابق با آنچه تخیل و تصور کرده‌ایم، پدیدار شوند.» از سویی خرد رازی زمینه‌یی تحصلی را القا می‌کند، چراکه در بند دوم بخش اول طب روحانی علوم و فنون بشر را همچون پزشکی، جغرافیا و… را نیز در زیرمجموعه خرد قرار می‌دهد. رازی کاملا واقع‌گراست. تجربه‌گرایی خود از نظر وی زیرمجموعه‌یی از خرد محسوب می‌شود. به این ترتیب ماورای علم تجربی که با محک خرد سنجیده می‌شود، چیزی نمی‌تواند معنا داشته باشد، تنها آنچه در ورطه ارتباط محسوس و معقول می‌گنجد، وجود دارد.

جدال کهنه عوام و خواص در تعریف رازی نیز مرزبندی می‌شود؛ پرداخت معرفتی عوام در نظر رازی برگرفته از احساس و امور جزییه است و معرفت خواص فراتر از ادراک و مبتنی بر امور کلی است که از عالم محسوس نیل به عالم معقول یافته است. بحث رازی درباره عوام و خواص سویه‌یی بر فلسفه و دین دارد چراکه از نظر رازی فلاسفه به بالاترین مدارج و فضایل عقلانی رسیده‌اند و خواص هستند و اکثریت مردم که از فلسفه بهره‌مند نیستند، در مرتبه‌یی پایین‌تر قرار گرفته‌اند که شرایع از آن آنهاست. فارابی و ابن سینا نیز نظری متناظر با آرای رازی دارند و معتقدند شریعت همان مبانی نقلی دین است که برای عوام است و یک حقیقت برای فلاسفه است که آن، همان اصول عقلانی فلسفه است و البته این مساله سرآغازی برای مناقشات تاریخی فلسفه و دین است.